肺心功能代偿期和失代偿期的治疗方法与药物均不相同：
代偿期往往需要综合干预治疗措施来控制原发病，改善患者的生活质量。
肺心功能失代偿期，大多数是因为感染导致的急性加重，治疗原则是首先控制感染，更多的选择控制院内感染的三代头孢加免疫制剂的药物作为基础用药。
其次是控制呼吸衰竭，以扩张支气管的药物为主，包括祛痰的药物。
第三是出现心功能不全的患者，可以酌情选用温和的利尿剂或者正性肌力的药物，利尿剂应用，原则是小剂量、短疗程；正性肌力药物的选择只有在感染控制的情况下，以右心衰竭为主要表现，或者合并室上速、房颤或者心功能不全，可以选择作用快的洋地黄类药物。
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